现有院长办公室、综合行政部、技术咨询服务中心、协同创新中心、技术转化孵化中心 、人才培训中心六个内设机构；结合临沂市经济发展需求，依托山东交通学院学科优势、平台优势、专业优势、人才优势等成立了汽车工程、交通土建工程、交通工程、物流工程、电气工程、机械制造、通用航空、轨道交通、经济管理、司法鉴定等多个研究团队或博士（后）工作站。